L'agent comptable (intendant) tient la comptabilité des établissements dont il a la charge. Il peut déléguer à un gestionnaire la tenue, de cette comptabilité, mais en exerce le contrôle. Les agents comptables prêtent serment devant la Cour régionale des comptes. Il ont une responsabilité personnelle sur leurs fonds propres.

Paiement intégral, par l'établissement, de la dépense engagée (sur un chapitre précis, sur le fonds de réserve, par une décision modificative...).

Le budget est un document de comptabilité prévoyant l’ensemble des recettes et des dépenses nécessaires au fonctionnement de l’établissement pour l’année civile. Il concerne en particulier, les dépenses couvrant le fonctionnement pédagogique, la viabilisation, l'entretien courant et les dépenses administratives. Il comprend le service général et des services spéciaux. Il est voté en C.A. au plus tard début décembre. Le C.A. est maître de la répartition des crédits dans le respect des règles budgétaires nationales et en fonction des orientations fixées par la collectivité de rattachement

Le compte financier est la phase finale de l’exécution budgétaire : c’est un document de résultat récapitulatif de l’ensemble des opérations effectuées. Il est établi par le comptable, arrêté par le CA et transmis pour contrôle externe selon un calendrier allant de fin juin à fin août. Il s'agit de rendre des comptes sur l'utilisation des deniers publics. Voté en CA avant le 31 mars, ce document permet de faire le point sur l'exécution du budget et les dépenses réelles effectuées.

Ces ressources ne peuvent être affectées qu'à un compte précis, et ne peuvent tomber dans le fonds de réserve (ex. manuels scolaires - crédits projets éducatifs...).

Cette dotation concerne l'investissement pour les collèges.

L'Etat reverse aux collectivités locales une dotation qui compense les charges particulières dues à la décentralisation - y compris les dépenses pour le fonctionnement des lycées et collèges mais aussi pour l'apprentissage, la formation continue des adultes, et la formation des jeunes issus sans qualification du système éducatif. La collectivité locale répartit cette dotation selon ses choix politiques. Elle peut la majorer sur ses fonds propres.

Elle concerne l'investissement pour les lycées (construction, reconstruction, rénovation, gros équipements...). La collectivité peut choisir - ou non - d'abonder cette dotation sur ses ressources propres.

Sur le prix de la pension versée par les familles, l'Etat prélève 22,5 % pour participation au paiement des personnels qui assurent la cantine (10 % si la fabrication des repas est assurée par un prestataire de service autre qu'un établissement d'enseignement).

Le budget voté en CA concerne le fonctionnement de l'établissement.

Il s'agit d'une sorte d'assurance : la collectivité locale prélève entre 0,5 et 2 % du prix de pension pour constituer un fonds servant en cas d'urgence pour remplacer les matériels utilisés pour la cuisine. En cas de nécessité, pour remplacer des équipements lourds de cuisine, ce fonds devra être sollicité.

Somme des crédits non utilisés pendant l'année civile et lors des années précédentes. Cette réserve peut être utilisée pour n'importe quel chapitre après décision modificative votée en CA. Le montant du fonds de réserve doit avoisiner les 10 % du budget.

Chaque CA donne son accord sur les modalités de participation de l'établissement aux actions du Greta (Groupements d'établissements pour la formation continue), mais seul l'établissement support vote le budget du Greta.

Toute convention de formation continue est cosignée par le chef d'établissement support et par le chef de l'établissement où se déroule l'action.

Plusieurs établissements peuvent se constituer, après accord entre eux, en un groupement comptable. Chaque établissement conserve sa personnalité morale et son autonomie financière.

Les départements ont la charge des collèges, les régions celle des lycées.L'investissement concerne les constructions, reconstructions, extensions à la charge de propriétaire. Les dotations pour investissement ne font pas partie du budget voté en CA, qui ne concerne que le fonctionnement. Cependant la collectivité locale doit soumettre son programme de travaux au CA, pour que celui-ci établisse un ordre de priorité et/ou fasse inscrire ses propres demandes urgentes.

Ce sont des ressources qui ne proviennent pas de subventions mais de revenus liés à des prestations offertes par l'établissement (ventes de produits, location de salles, panneaux publicitaires...)

Annexés au budget de l'établissement et votés dans les mêmes conditions (dépenses et recettes en équilibre), les services spéciaux permettent de distinguer certaines activités de l'établissement : l'enseignement technique, la formation continue, les séquences éducatives, les activités péri et para scolaires, les projets éducatifs, les groupements de service, les sections sports-études.

Taxe versée par les entreprises pour les classes techniques, préprofessionnelles, professionnelles. Les entreprises peuvent la verser à l'établissement de leur choix, privé ou public. Cette taxe doit bénéficier aux classes qui permettent de la toucher (équipement en matériels pédagogiques en particulier). C'est à l'établissement, au chef des travaux, de faire des démarches pour attirer le versement direct de cette taxe par les entreprises.

Chapitre du budget de fonctionnement qui comprend les dépenses d'énergie (eau, chauffage, électricité...).